دوره 11، شماره 3 - ( پاییز 99، دوره 11، شماره‌ی 3 1399 )
جلد 11 شماره 3 صفحات 221-214 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Kalavani S, Zolghadri S. Identification of key genes and pathways involved in vitiligo vulgaris by gene network analysis. jdc 2020; 11 (3) :214-221
URL: http://jdc.tums.ac.ir/article-1-5478-fa.html
URL: http://jdc.tums.ac.ir/article-1-5478-fa.html
کلوانی شیما، ذوالقدری سمانه. شناسایی ژنهای کلیدی و مسیرهای درگیر در بیماری ویتیلیگو ولگاریس با تجزیه و تحلیل شبکه‌ی ژنی. پوست و زیبایی. 1399; 11 (3) :214-221
شیما کلوانی1 
، سمانه ذوالقدری* 2
، سمانه ذوالقدری* 2
1- گروه زیست‌شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، جهرم، ایران
2- گروه زیست‌شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، جهرم، ایران ،z.jahromi@ut.ac.ir
2- گروه زیست‌شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، جهرم، ایران ،
چکیده: (2292 مشاهده)
زمینه و هدف: ویتیلیگو بیماری مزمن پوست و مو است که با ازدست‌دادن ملانین مشخص میشود و درصورت عدم درمان معمولاً پیشرونده و غیرقابل برگشت است. هدف از مطالعه‌ی حاضر شناسایی ژنهای درگیر در بیماریزایی ویتیلیگو بود.
روش اجرا: یک مجموعه‌ی داده‌ی بیان mRNA مرتبط با بیماری ویتیلیگو با کد (GSE65127) از پایگاه داده ژنتیک عمومی (GEO) استخراج گردید. ژنهای افتراقی بیان‌شده توسط نرمافزار R مشخص گردید. سپس شبکه‌ی ژنی با استفاده از سایت STRING ترسیم و دادهها به‌نرم افزار CYTOSCAPE جهت تعیین صد ژن برتر منتقل گردید. در پایان با استفاده از نرمافزار GEPHY شبکه‌ی ژنی ترسیم و مسیرهای متابولیکی ده ژن برتر با استفاده از سایت ENRICHR مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.
یافته‌ها: در مقایسه با گروه کنترل، ده ژن برتری که با بیان بیشتر به‌دست آمدند
عبارتنداز TP53، HNRNPA2، SRSF1، PTEN، CDC42، EGFR، EIF4A1، MYB، HNRNPH1 و SF381 و ده ژن برتر با بیان کمتر نسبت به کنترل عبارتندازCDH2، LEP، KIT، GRIA2، SPP1، NRXN1، RUNX2، PDGFRB، NES و MYH11. مسیرهای متابولیکی مرتبط با ژنهای افزایش بیان‌یافته شامل Melanogenesis، Renin secretion و Pancreatic secretion و مسیرهای متابولیکی مرتبط با ژنهای کاهش بیان‌یافته شامل Prostate cancer، Epithelial cell signaling in helicobacter pylori infection و Melanoma هستند.
نتیجه‌گیری:شناسایی ژنهای افتراقی بیان‌شده در ویتیلیگو میتواند به درک ما از بیماریزایی آن کمک کند. همچنین از این ژنها میتوان بهعنوان اهداف دارویی برای درمان استفاده کرد.
روش اجرا: یک مجموعه‌ی داده‌ی بیان mRNA مرتبط با بیماری ویتیلیگو با کد (GSE65127) از پایگاه داده ژنتیک عمومی (GEO) استخراج گردید. ژنهای افتراقی بیان‌شده توسط نرمافزار R مشخص گردید. سپس شبکه‌ی ژنی با استفاده از سایت STRING ترسیم و دادهها به‌نرم افزار CYTOSCAPE جهت تعیین صد ژن برتر منتقل گردید. در پایان با استفاده از نرمافزار GEPHY شبکه‌ی ژنی ترسیم و مسیرهای متابولیکی ده ژن برتر با استفاده از سایت ENRICHR مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.
یافته‌ها: در مقایسه با گروه کنترل، ده ژن برتری که با بیان بیشتر به‌دست آمدند
عبارتنداز TP53، HNRNPA2، SRSF1، PTEN، CDC42، EGFR، EIF4A1، MYB، HNRNPH1 و SF381 و ده ژن برتر با بیان کمتر نسبت به کنترل عبارتندازCDH2، LEP، KIT، GRIA2، SPP1، NRXN1، RUNX2، PDGFRB، NES و MYH11. مسیرهای متابولیکی مرتبط با ژنهای افزایش بیان‌یافته شامل Melanogenesis، Renin secretion و Pancreatic secretion و مسیرهای متابولیکی مرتبط با ژنهای کاهش بیان‌یافته شامل Prostate cancer، Epithelial cell signaling in helicobacter pylori infection و Melanoma هستند.
نتیجه‌گیری:شناسایی ژنهای افتراقی بیان‌شده در ویتیلیگو میتواند به درک ما از بیماریزایی آن کمک کند. همچنین از این ژنها میتوان بهعنوان اهداف دارویی برای درمان استفاده کرد.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
